Реализация мероприятий Программы осуществляется на основании договоров, заключенных между СНО (на правах заказчика) и подрядной организацией, которыми определяются конкретные права и обязанности сторон, сроки исполнения, порядок финансирования (оплаты), порядок приемки-передачи работ (товаров), ответственность сторон и иные условия сделки, предусмотренные гражданским законодательством и бюджетным законодательством.
Контроль за целевым использованием бюджетных средств, направленных на реализацию Программы, осуществляют вице-губернатор Ленинградской области -председатель комитета по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу, комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области, администрации муниципальных образований Ленинградской области (в случае софинансирования мероприятий Программы за счет средств местного бюджета).
Комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области ежеквартально представляет отчет о ходе реализации Программы в комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Ленинградской области и ежегодно - в Правительство Ленинградской области.