Химический метод защиты растений дополняет агротехнический и проводится на основе обследования энтофитосанитарного состояния сельскохозяйственных угодий. При проведении химических мероприятий по защите растений, которые запланированы Программой на площади 5,8 тыс. га к 2006 году, необходимо иметь в виду, что использование пестицидов является наиболее эффективным средством, обеспечивающим существенную прибавку урожая и быструю окупаемость затрат. Каждый рубль, вложенный в защиту льна - долгунца, окупается в 2 раза. Основным приемом защиты льна от комплекса болезней определено протравливание семян, которое запланировано Программой до 700 тонн семян к 2006 году.