Система управления реализацией программы предполагает утверждение ответственных за:
- реализацию программы в целом, достижение целей, задач программы, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в программе;
- координацию деятельности учреждений и организаций, участвующих в реализации программы и их согласованные действия по реализации программных мероприятий;
- реализацию каждого мероприятия программы и соответственно реализацию программы в целом;
- финансирование программных мероприятий;
- мониторинг реализации программы;
- формирование отчетности о ходе реализации программы.
Правовые основания расходных обязательств федерального бюджета в финансировании обеспечения мероприятий программы возникают в результате подписания соглашений между Минсельхозом России и регионом о включении последних в число участников субсидирования региональной программы поддержания молочного скотоводства.