Порядок и формы текущего контроля определяются заказчиком Программы и руководителем Программы и предусматривают выполнение мероприятий в соответствии с заданиями в рамках предусмотренного финансирования. Исполнители регулярно отчитываются о выполненных работах, оформляют выполнение работ актами сдачи-приемки согласно техническому заданию и календарному плану на выполнение работ. Работы считаются выполненными и принятыми после утверждения актов приемки работ заказчиком Программы. Заказчик Программы вправе подключать для текущего контроля, инспектирования и проверки качества и полноты выполняемых работ сторонние организации (третьи лица).
Общую координацию взаимодействий по выполнению Программы, научно-методическому руководству, анализ и оценку выполненных и предлагаемых к выполнению работ осуществляет научно-технический совет под председательством представителя заказчика Программы, руководителя Программы или заместителя руководителя.
Контроль за исполнением Программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области - председатель комитета по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу С.В.Яхнюк.
В комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Правительства Ленинградской области ежеквартально представляются отчеты о выполнении мероприятий Программы.