Реализация мероприятий Программы осуществляется на основании договоров, заключенных между СНО (на правах заказчика) и подрядной организацией, где определяются конкретные права и обязанности сторон, сроки исполнения, порядок финансирования (оплаты), порядок приемки-передачи работ (товаров), ответственность сторон и иные условия сделки, обусловленные гражданским и бюджетным законодательствами.
Контроль за целевым использованием бюджетных средств, направленных на реализацию Программы, осуществляют вице-губернатор Ленинградской области - председатель комитета по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу, комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области, администрации муниципальных образований Ленинградской области.
О ходе реализации Программы комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области ежеквартально представляет отчет в комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Ленинградской области и ежегодно докладывает в Правительство Ленинградской области.