Базовым геоинформационным программным обеспечением Комплекса является линейка продуктов ESRI, как наиболее гибкий инструмент обработки и хранения различных типов пространственных данных, получаемых Комитетом из различных источников.
В качестве инструментов разработчика геоинформационных данных Комплекса используются средства ESRI ArcGIS Desktop (версия Workstation), ESRI ArcIMS и ArcServer.
В качестве клиентских приложений используются ESRI Arcreader, ESRI ArcView.
Для хранения данных Комплекса используется сервер баз данных MS SQL-Server.
Все пространственные данные хранятся в формате корпоративных геобаз под управлением ESRI ArcSDE и ESRI ArcServer.
Для моделирования рассевания загрязняющих веществ в атмосферном воздухе используется программный комплекс УПРЗА "Эколог-город-Санкт-Петербург", AirViro.
Программные средства, обеспечивающие функционирование Комплекса, обновляются по мере создания новых версий программных продуктов.