Основной задачей Совета является обеспечение координированного межведомственного взаимодействия и сотрудничества исполнительных органов государственной власти Санкт-Петербурга, территориальных органов федеральных органов исполнительной власти и организаций при подготовке предложений Правительству Санкт-Петербурга по вопросам рыболовства, рыбоводства и сохранения водных биологических ресурсов.