Структура Экспертного совета утверждается председателем Комитета по здравоохранению Правительства Санкт-Петербурга.
В состав Экспертного совета входят председатель, заместитель председателя, члены Экспертного совета. Председатели профильных комиссий участвуют в очередных заседаниях Экспертного совета на правах его членов при рассмотрении документов системы стандартизации подготовленных соответствующей профильной комиссии.
Председателем Экспертного совета является первый заместитель председателя Комитета по здравоохранению Правительства Санкт-Петербурга
При Экспертном совете формируются профильные комиссии по соответствующим видам медицинской деятельности.
Организация работы профильных комиссий осуществляется по мере поступления проектов документов, требующих рассмотрения на заседании профильной комиссии.