Программа имеет межведомственный комплексный характер и рассчитана на поэтапную реализацию в течение 2006-2010 гг.:
I этап (2006 г.) - разработка методологических, научно-методических и технологических основ гармонизации межэтнических и межкультурных отношений, профилактики проявлений ксенофобии и экстремизма, воспитания культуры мира, формирования толерантного сознания и поведения; обобщение и развитие имеющегося в Санкт-Петербурге конструктивного опыта формирования толерантного сознания, профилактики проявлений ксенофобии, воспитания культуры мира; мониторинг действующих механизмов профилактики этнического экстремизма и ксенофобии; широкое информирование жителей Санкт-Петербурга о целях, задачах и содержании Программы через средства массовой информации Санкт-Петербурга; привлечение внимания к целям, задачам и содержанию Программы представителей органов местного самоуправления, работников научных, образовательных учреждений и учреждений культуры, общественных организаций и объединений, некоммерческих организаций; проведение запланированных мероприятий, выработка критериев оценки их эффективности; разработка методики комплексной оценки уровня этнокультурной толерантности у жителей Санкт-Петербурга.
II этап (2007-2010 гг.) - реализация системы мероприятий по формированию толерантной среды в сферах, связанных с межэтническими, межкультурными и межконфессиональными взаимодействиями в Санкт-Петербурге; создание и совершенствование системы контроля за исполнением принятых решений и выполнением мероприятий Программы; реализация накопленного Санкт-Петербургом опыта формирования толерантного сознания, профилактики ксенофобии, воспитания культуры мира; внедрение разработанных эффективных технологий формирования толерантной среды, толерантного сознания и поведения во все сферы жизни и деятельности жителей Санкт-Петербурга; мониторинг действующих механизмов профилактики этнического экстремизма и ксенофобии; обобщение достигнутого опыта и оценка результатов реализации Программы.