Программа реализуется исполнительными органами государственной власти Санкт-Петербурга с привлечением в установленном порядке органов местного самоуправления в Санкт-Петербурге, расположенных в Санкт-Петербурге научных, образовательных учреждений и учреждений культуры, общественных организаций и объединений, некоммерческих организаций. Координатором Программы является Комитет по внешним связям Санкт-Петербурга. Координатор Программы совместно с Консультативным советом по делам национально-культурных объединений при Правительстве Санкт-Петербурга осуществляет управление реализацией Программы: готовит предложения о порядке выполнения Программы, включении, исключении и корректировке отдельных разделов и мероприятий, осуществляет координацию и контроль за ходом реализации Программы ответственными исполнителями. Координатор Программы совместно с Консультативным советом по делам национально-культурных объединений при Правительстве Санкт-Петербурга один раз в полгода проводит мониторинг выполнения запланированных мероприятий Программы, обобщает достигнутый опыт и дает оценку промежуточным результатам реализации Программы. Координатор Программы ежегодно готовит отчеты о выполнении мероприятий Программы и информирует Правительство Санкт-Петербурга о ходе реализации Программы.
В процессе реализации Программы ответственные исполнители используют конструктивный опыт, методы и средства формирования толерантного сознания, профилактики проявлений ксенофобии, воспитания культуры мира, накопленные научными, образовательными учреждениями и учреждениями культуры, общественными организациями и объединениями, иными некоммерческими организациями.
Реализация мероприятий Программы осуществляется за счет средств бюджета Санкт-Петербурга. Размещение заказов, связанных с исполнением Программы, осуществляется в соответствии с Федеральным законом "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд". Затраты, связанные с реализацией I этапа Программы, предусмотрены в рамках текущего финансирования исполнительных органов государственной власти. Затраты на оставшийся период будут финансироваться за счет бюджета Санкт-Петербурга на соответствующий год. Размеры бюджетного финансирования Программы на последующие годы заложены без увеличения объемов традиционно сложившихся затрат по соответствующим направлениям.
В целях поддержки некоммерческих организаций, зарегистрированных в качестве юридических лиц, за исключением государственных (муниципальных) учреждений, оказывающих правовую и медико-социальную помощь беженцам и вынужденным переселенцам на территории Санкт-Петербурга, в случаях и порядке, предусмотренных законом Санкт-Петербурга о бюджете Санкт-Петербурга на соответствующий финансовый год и принимаемыми в соответствии с ним постановлениями Правительства Санкт-Петербурга указанным организациям на конкурсной основе могут предоставляться субсидии в целях возмещения затрат на реализацию социальных проектов, направленных на укрепление толерантности (абзац дополнительно включен с 25 октября 2010 года постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 4 октября 2010 года N 1307).
Привлечение внебюджетных источников финансирования отдельных мероприятий осуществляется на основе предложений ответственных исполнителей мероприятий Программы.