В настоящее время в своем развитии сельские школы сталкиваются с рядом проблем, препятствующих выполнению современных требований по обеспечению права граждан на доступное качественное образование. Во-первых, сельская школа оказалась замкнутой в границах микросоциума небольших поселков и деревень, имеет слабые внешние связи, что снижает образовательные и культурные возможности обучающихся. Такая школа не способна в полной мере отвечать запросам современных школьников в социализации и интеграции в современный мир. Во-вторых, в сельских школах сокращается количество обучающихся, снижается наполняемость классов, что приводит к снижению их социальной перспективности при увеличении затрат на содержание. В-третьих, не всегда качество подготовки учащихся сельских школ соответствует современным требованиям, что подтверждается данными социологических исследований (удовлетворенность обучающихся и их родителей качеством учебной подготовки в школе), низкими показателями участия в предметных олимпиадах, а также награждения золотыми и серебряными медалями учащихся сельских школ.
Указанные проблемы обуславливают необходимость обеспечения интенсивного развития сельских школ на основе проектирования путей их дальнейшего развития, создания различных моделей организации образования как внутри сельской школы, так и моделей взаимодействия сельских школ между собой, а также с общеобразовательными школами, расположенными в городской местности, учреждениями дополнительного и профессионального образования, службами психолого-педагогического сопровождения.