Контроль за целевым использованием средств Фонда компенсаций Санкт-Петербурга осуществляется Контрольно-счетной палатой Санкт-Петербурга, исполнительным органом государственной власти Санкт-Петербурга, уполномоченным Правительством Санкт-Петербурга, а также соответствующими органами местного самоуправления в Санкт-Петербурге.