Инфекционная заболеваемость в последние годы имеет тенденцию к снижению, однако остается на 10-15 процентов выше (в различных возрастных группах), чем в целом по России. В 2002 году инфекционная заболеваемость у детей превышала средние показатели по стране в 1,5 раза. Заболеваемость туберкулезом в Санкт-Петербурге более чем в 2 раза ниже, чем в целом по России, а эффективность лечения больных туберкулезом в Санкт-Петербурге самая высокая. Неблагополучная ситуация по дифтерии, заболеваемость которой в Санкт-Петербурге в несколько раз превышает среднероссийскую. Однако в 2003 году, благодаря активной иммунопрофилактике населения, появилась тенденция к снижению числа случаев этого заболевания. За последние три года отмечается рост числа больных менингококковой инфекцией. Заболеваемость острыми вирусными гепатитами в целом снизилась в 1,6 раза, а хроническими гепатитами за последний год увеличилась в 1,2 раза. Отмечается увеличение в 2 раза числа пострадавших от укусов клещей и рост заболеваемости клещевым энцефалитом в 1,4 раза. Показатель заболеваемости лептоспирозом несколько снизился (с 1,3 на 100 тыс. населения в 2002 году до 0,9 в 2003 году), но пока выше общероссийского показателя.
На конец 2003 года под диспансерным наблюдением в Санкт-Петербурге состояло 5941 больных ВИЧ-инфекцией. Ситуация с заболеваемостью ВИЧ-инфекцией в основном отражает тенденции, имеющие место в России.
Показатель заболеваемости злокачественными новообразованиями в Санкт-Петербурге самый высокий среди всех субъектов Российской Федерации.