Заболеваемость взрослого населения последние четыре года стабилизировалась: первичная на уровне 500 вновь выявленных заболеваний на 1000 населения, а общая - на уровне 1200 заболеваний. Увеличение разрыва между общей и первичной заболеваемостью свидетельствует о накоплении хронической патологии, что может быть обусловлено слабой профилактикой заболеваний, их поздней диагностикой, недостатками в лечении. Уровень общей заболеваемости взрослого населения в Санкт-Петербурге на 8 процентов выше, чем в среднем по России, преимущественно за счет болезней системы кровообращения, травм, новообразований, инфекций и заболеваний глаз. В структуре общей заболеваемости преобладают болезни системы кровообращения (23,3 процента), органов дыхания (16,5 процента), болезни нервной системы и органов чувств (12,1 процента).
Вызывает тревогу уровень общей заболеваемости детского населения и подростков (0-17 лет), который в 2003 году по сравнению с 1996 годом увеличился на 25 процентов и на 9 процентов (по данным 2002 года) превышает аналогичный показатель по Российской Федерации. В структуре заболеваемости детей преобладают болезни органов дыхания и болезни нервной системы и органов чувств.