С целью проведения единой научно-технической и инновационной политики необходимы централизованное методическое руководство и координация работ. Эту задачу должен осуществлять специально уполномоченный отраслевой орган исполнительной власти Ленинградской области, которым в настоящее время является комитет экономического развития Ленинградской области. Соисполнитель Программы - государственное учреждение "Агентство экономического развития Ленинградской области". Для выполнения функции управления комитет экономического развития Ленинградской области по мере необходимости проводит рабочие совещания с участием представителей отраслевых органов исполнительной власти Ленинградской области.
Реализация мероприятий Программы осуществляется в соответствии с постановлением Правительства Ленинградской области от 11 июля 2003 года N 149 "О Порядке разработки, утверждения и контроля за реализацией региональных целевых программ в Ленинградской области".
Организация работ, предусмотренных Программой, научно-методическое руководство, экспертиза предлагаемых решений и прием выполненных работ в большинстве реализуемых мероприятий осуществляется непосредственно комитетом экономического развития Ленинградской области.
Контроль за ходом выполнения Программы осуществляет вице-губернатор - председатель комитета экономического развития Ленинградской области Двас Григорий Викторович.