Управление Программой осуществляет представитель заказчика - комитет по природным ресурсам и охране окружающей среды Ленинградской области как отраслевой орган исполнительной власти Ленинградской области.
Оперативное управление реализацией Программы в соответствии с выделяемыми ресурсами и планом программных мероприятий осуществляет руководитель Программы, обеспечивающий целевое использование средств и представляющий систематический отчет об их расходовании.
Оценка результатов реализации Программы и контроль за выполнением плана программных мероприятий производится комитетом по природным ресурсам и охране окружающей среды Ленинградской области. Отчеты о финансировании, выполнении и эффективности Программы представляются в установленном порядке руководителем Программы в комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области ежеквартально в соответствии с перечнем объектов и мероприятий, предусмотренных в плане реализации Программы.
Контроль за целевым использованием бюджетных и внебюджетных средств, направленных на реализацию Программы, осуществляет ГУ "Ленобллес".
Обобщенную оценку эффективности использования бюджетных средств производит комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области на основании отчетов руководителя Программы.