Основными функциями комиссии являются:
а) утверждение внештатных специалистов - экспертов;
б) согласование программ (методическое руководство) по проведению аккредитации и лицензированию фармацевтической деятельности;
в) предварительное изучение подготовленных отделом материалов по аккредитации и лицензированию, а также материалов по контролю соблюдения условий осуществления лицензированных видов деятельности;
г) обсуждение материалов экспертизы соискателей лицензий на заседаниях комиссии и вынесение решения о возможности их аккредитации и лицензирования;
д) вынесение решений о приостановлении или возобновлении действия приостановленных сертификатов и лицензий, о передаче в суд дела об аннулировании лицензии - на основании материалов контрольных проверок деятельности лицензиатов.