Основным исполнителем программы является комитет по здравоохранению Правительства Ленинградской области, соисполнителями - Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Ленинградской области, Ленинградское областное государственное предприятие "Ленфарм", органы местного самоуправления, центры госсанэпиднадзора в городах и районах области, муниципальные учреждения здравоохранения.
Общий контроль за выполнением программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области. Для осуществления оперативного контроля руководители учреждений и служб, участвующих в программе, представляют ежеквартально в комитет по здравоохранению Правительства Ленинградской области сведения о выполнении ее мероприятий. Комитет по здравоохранению Правительства Ленинградской области ежеквартально направляет в комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области информацию о ходе выполнения и финансировании программы.