Основными участниками реализации программы являются Правительство Ленинградской области в лице комитета финансов Ленинградской области и комитета по экономике и инвестициям Ленинградской области, с одной стороны, и Невско-Ладожское бассейновое водное управление Министерства природных ресурсов Российской Федерации - с другой.
Формы взаимодействия сторон оговариваются в соглашении, заключаемом в установленном порядке.