Согласно постановлению Правительства Российской Федерации от 17 мая 1997 года N 588 "Об утверждении Положения о Министерстве природных ресурсов Российской Федерации" на его территориальные специально уполномоченные органы возложены функции государственного заказчика на проведение проектных и строительных работ в сфере водного хозяйства.
В соответствии с заключаемым с Правительством Ленинградской области соглашением Невско-Ладожское бассейновое водное управление финансируется из средств целевого бюджетного фонда восстановления и охраны водных объектов Ленинградской области и осуществляет реализацию мероприятий программы на текущий год.
Отчет о расходовании средств фонда за истекший финансовый год представляется в Законодательное собрание Ленинградской области (для выделения средств на очередной финансовый год).