Для обеспечения финансирования водоохранных и водохозяйственных мероприятий, предусмотренных программой, создается целевой бюджетный фонд восстановления и охраны водных объектов (далее - фонд), который формируется за счет зачисляемой в доход областного бюджета платы за пользование водными объектами в размере 50 процентов суммы платежей, а также возврата бюджетной ссуды, выданной из его средств. Средства фонда аккумулируются на специально открываемом областном счете.
Порядок использования средств фонда определен в Положении о целевом бюджетном фонде восстановления и охраны водных объектов. В соответствии с ним финансирование может осуществляться как на безвозвратной основе, так и путем предоставления бюджетной ссуды из средств фонда в зависимости от вида водоохранных работ (возвратная основа).
Программа на каждый текущий год утверждается постановлением Правительства Ленинградской области. Контроль за использованием средств осуществляет Правительство Ленинградской области в лице комитета финансов и комитета по экономике и инвестициям. Невско-Ладожское бассейновое водное управление заключает в установленном законом порядке соглашение с Правительством Ленинградской области, определяющее порядок и последовательность перечисления средств фонда на реализацию мероприятий согласно графику работ.
Учет средств фонда и финансирование расходов осуществляет в установленном порядке комитет финансов Ленинградской области.