В разработке и реализации программы "Лето-99" участвуют администрации муниципальных образований, комитет общего и профессионального образования, комитет по здравоохранению, комитет по культуре, комитет по делам молодежи, физической культуре, спорту и туризму, комитет по труду и социальной защите населения, Департамент федеральной государственной службы занятости населения по Ленинградской области, Главное управление внутренних дел Санкт-Петербурга и Ленинградской области, комитет по сельскому хозяйству, Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Ленинградской области, Ленинградское региональное отделение Фонда социального страхования Российской Федерации, Ленинградский областной фонд обязательного медицинского страхования, Ленинградский областной фонд социальной поддержки населения, Государственный фонд занятости населения Российской Федерации, Ленинградское областное отделение Детского фонда Российской Федерации.