Контроль за выполнением программы "Лето-99" осуществляется Правительством Ленинградской области и администрациями муниципальных образований.
При Правительстве Ленинградской области для контроля и оперативного решения вопросов по организации оздоровления, отдыха и занятости детей и подростков образована межведомственная координационная комиссия, председателем которой является вице-губернатор по социальному развитию Воронцов А.В. Комиссия по плану, утвержденному ее председателем, еженедельно выезжает в муниципальные образования.
Итоги работы подводятся в администрациях муниципальных образований и оформляются решением комиссии.
Члены комиссии, представители заинтересованных комитетов, ведомств и внебюджетных фондов, несут персональную ответственность за реализацию программы "Лето-99" по профилю своей деятельности.
Комиссия координирует работу администраций муниципальных образований, комитетов и ведомств Ленинградской области, внебюджетных фондов, муниципальных межведомственных комиссий, решающих вопросы по организации оздоровления, отдыха и занятости детей и подростков, выявляет и привлекает финансовые средства для эффективной организации летней работы, распределяет целевые финансовые средства, выделенные из федерального бюджета.
В октябре текущего года администрации муниципальных образований, областные комитеты, внебюджетные фонды, заинтересованные службы и ведомства представляют для обобщения в комитет общего и профессионального образования Правительства Ленинградской области отчеты по профилю своей деятельности об итогах работы по выполнению мероприятий областной комплексной программы "Лето-99".
Общие итоги работы рассматриваются на заседании межведомственной координационной комиссии. На основании решения комиссии подводятся итоги выполнения программы "Лето-99".