Механизм управления Программой представляет единую систему организационных, экономических и правовых рычагов влияния на процесс становления и развития местного самоуправления. Контроль за выполнением Программы возлагается на комитет по вопросам государственной службы и местного самоуправления при Губернаторе Ленинградской области, взаимодействующий с государственными органами и органами местного самоуправления.
По итогам каждого года Правительство Ленинградской области рассматривает ход реализации Программы и эффективность использования финансовых средств.