Программа наиболее тесно взаимосвязана с региональными целевыми программами "Охрана окружающей среды Ленинградской области", "Леса Ленинградской области" (направленной на реализацию мероприятий по лесовосстановлению) и "Водоохранные и водохозяйственные работы Ленинградской области на 2003-2005 годы" (строительство плотины в заказнике "Раковые озера" и обустройство водоохранных зон и прибрежных защитных полос). Основным исполнителем указанных программ является комитет по природным ресурсам и охране окружающей среды Ленинградской области.
Кроме того, Программа дополняет мероприятия, осуществляемые Правительством Ленинградской области в рамках реализации региональных целевых программ, курируемых другими структурными подразделениями Правительства Ленинградской области: "Развитие образования Ленинградской области", "Развитие сферы туризма и рекреации".