Система ООПТ Ленинградской области активно используется как полигон для научно-исследовательских работ сотрудниками различных учреждений. На ООПТ Ленинградской области расположены 12 научно-исследовательских организаций, их баз или станций. Среди них Биологический НИИ СПбГУ, станция "Отрадное" Ботанического института РАН, Гидрологическая станция института озероведепия ("Озеро Красное"), Научно-исследовательская база ГосНИИОРХ ("Сяберский"), Болотная станция ГГИ ("Болото Ламмин-Суо"), Научно-исследовательский стационар СПб НИИЛХ (природный парк "Вепсский лес"). Болотная станция БИН РАН ("Чистый мох"), экспериментальная станция Лесотехнической академии ("Лисинский"), База Санкт-Петербургского горного института ("Саблинский"), База Института географии Санкт-Петербургского государственного университета ("Кузнечное"). На различных ООНТ специалистами разных институтов в течение многих десятилетий ведутся стационарные исследования. Такие работы развернуты на ООПТ "Раковые озера", "Озеро Мелководное", "Мшинское болото", "Выборгский", "Березовые острова", "Кокоревское", "Гонтовое болото", "Южное Приладожье", "Ингерманландский" и многих других. Накопленный научный потенциал позволяет использовать имеющуюся информацию при проектировании и инвентаризации территорий, устанавливать необходимые режимы охраны.
ООПТ представляют собою неисчерпаемый полигон для проведения научных работ специалистами самых различных профилей. Но для нормального функционирования всех ООПТ в первую очередь необходимо решить три группы вопросов: инвентаризация объектов особой охраны; организация постоянного контроля (мониторинга) за состоянием охраняемых объектов; разработка методов охраны и использования рекреационного потенциала ООПТ и внедрение их в практику.
В программу включены научно-исследовательские работы, необходимые для обеспечения функционирования ООПТ Ленинградской области:
мониторинг экосистем, лесных и болотных комплексов, объектов животного и растительного мира;
инвентаризация природных комплексов и анализ форм хозяйственной деятельности на ООПТ;
выявление на ООПТ видов растений и животных, занесенных в Красные книги;
исследования, направленные на разработку методов сохранения биоразнообразия;
учет численности животных (птиц, ластоногих) на ООПТ;
комплексные исследования и оценка экологического состояния природной среды ООПТ, разработка рекомендаций по сохранению природных комплексов и объектов;
выявление коренных старовозрастных лесов.
В результате научно-исследовательских работ будут получены данные по фактическому состоянию природной среды на ООПТ, выработаны рекомендации по сохранению природных комплексов и объектов, редких видов животных и растений. Особое внимание будет уделено ООПТ, имеющим высокую антропогенную нагрузку или попадающим в зону негативного воздействия крупных строительных объектов. В Программу включены научно-исследовательские работы, финансируемые на основе долевого участия за счет бюджетных средств Ленинградской области, из федерального бюджета или за счет инвестиций.