Общий контроль за выполнением Программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области, курирующий социальные вопросы.
Для осуществления оперативного контроля руководители учреждений и служб, участвующих в Программе, представляют ежеквартально в комитет по здравоохранению Ленинградской области сведения о выполнении мероприятий и финансировании Программы. Комитет по здравоохранению Ленинградской области ежеквартально направляет информацию о ходе финансирования и выполнения Программы в комитет по экономике и инвестициям Ленинградской области.