Санкт-Петербург расположен на островах разветвленной дельты и берегах Невы. Водные объекты Санкт-Петербурга представлены восточной частью Балтийского моря - Финским заливом, рекой Невой и ее притоками, естественными и искусственными водоемами, реками, каналами и болотами. Всего на территории Санкт-Петербурга расположено 308 водных объектов. Общая протяженность водотоков города - 217,5 км. В Санкт-Петербурге насчитывается 106 водоемов площадью более 1 га. Общая площадь зеркала этих водоемов составляет около 2087 га. Большая часть водоемов имеет искусственное происхождение. Кроме того, в городе имеется 6 крупных озер и водоемов общей площадью зеркала 580 га.
Охрана и рациональное использование поверхностных и подземных вод имеет исключительное значение для Санкт-Петербурга. Основным источником водоснабжения Санкт-Петербурга является река Нева, а городов-спутников, таких как Сестрорецк, Зеленогорск, Петродворец, Кронштадт, Красное Село и Ломоносов, - воды подземных месторождений. Река Нева вытекает из крупнейшего пресноводного водоема Европы - Ладожского озера. Непосредственно в Ладожское озеро впадают 32 реки, длиной более 10 км, а вытекает только одна - Нева. Бассейн Ладожского озера представляет собой сложную систему, включающую водосборы озер: Онежского, Ильмень и Саймы (Финляндия). В него полностью или частично входят территории Республики Карелия, Ленинградской, Новгородской, Псковской, Тверской, Вологодской, Архангельской и Витебской областей. Ладожское озеро - единственный безальтернативный источник питьевого и производственного водоснабжения пятимиллионного населения Санкт-Петербурга.
Качество воды реки Невы определяется качеством воды Ладожского озера. Наихудшее качество воды в истоке р.Невы отмечалось в 1994 и 1995 годах, когда величины индекса загрязнения воды (ИЗВ) в Неве равнялись 3,99 и 3,40 соответственно. В 2000 году значение ИЗВ реки Невы в фоновом створе, в 2 км выше границы города, составило 3,25, а среднее значение ИЗВ для пяти контрольных створов на реке Неве составило 2,55 и значимо не изменяется с 1997 года. Воды Невы в целом характеризуются как "загрязненные" - IV класс качества воды. Водотоки Санкт-Петербурга характеризуются высокой степенью загрязнения; наиболее загрязненными являются р.Славянка, р.Охта, р.Ижора и р.Карповка. Для основных внутренних водотоков Санкт-Петербурга качество поверхностных вод, за счет проводимых водоохранных мероприятий, постепенно улучшается.
Для Невской Губы, являющейся элементом восточной части Финского залива, основной проблемой является эвтрофирование. Развитие процесса эвтрофирования приводит ко многим неблагоприятным последствиям, включая: развитие "цветения" и ухудшение качества воды, появление анаэробных зон, нарушение структуры биоценозов и исчезновение многих видов гидробионтов, в том числе ценных промысловых рыб. За пределами Невской Губы, в мелководном районе восточной части Финского залива, скорость эвтрофирования вод гораздо выше, чем в Невской Губе. В курортном районе этот процесс наиболее выражен в прибрежной зоне у г.Зеленогорска.
Забор свежей воды из водных объектов за последние двадцать лет сократился на 25%. Общий забор воды из водных объектов по Санкт-Петербургу в 2000 году составил 1418,5 млн.м.куб. Приблизительно 30% от этого количества потребляют промышленные предприятия, а остальное приходится на долю ГУП "Водоканал".
Сброс сточных вод в водные объекты (без учета ливневых стоков) по итогам года составил 1344,2 млн.куб.м, из них только 65% прошли через очистные сооружения. Снижение сброса загрязненных сточных вод обусловило и сокращение сброса загрязняющих веществ в составе сточных вод по многим ингредиентам.
Среди ряда необходимых мероприятий, направленных на стабилизацию и оздоровление экологической обстановки на водных объектах, главнейшими являются: переход на водосберегающие технологии и полная очистка хозяйственно-бытовых и промышленных стоков.
В восточной части Финского залива, на реке Неве и внутренних водотоках и водоемах города необходимо проведение природоохранных мероприятий по следующим направлениям:
- развитие системы канализации города;
- очистка акватории и водоохранных зон;
- оздоровление, благоустройство и охрана от загрязнения рек и водоемов на территории Санкт-Петербурга;
- охрана и использование подземных вод;
- содействие внедрению на предприятиях города эффективных водосберегающих технологий, а также сооружений по очистке сточных вод.