2.1. Экспертиза качества и эффективности лечебно-диагностического процесса, соответствия медицинской помощи, ведения медицинской документации утвержденным стандартам, организационно-распорядительным и нормативным документам.
2.2. Организационно-методическое руководство деятельностью КЭК подведомственных государственных учреждений здравоохранения.
2.3. Рассмотрение наиболее сложных и конфликтных случаев, по которым клинико-экспертными комиссиями подведомственных учреждений здравоохранения не было принято окончательного решения, либо при несогласии с их решением.
2.4. Решение иных вопросов, предусмотренных действующим законодательством и нормативными документами.