Государственным заказчиком Программы является Администрация Санкт-Петербурга в лице Комитета экономики и промышленной политики.
Управление реализацией Программы осуществляет Комитет экономики и промышленной политики. Контроль за ходом выполнения Программы осуществляется Комитетом экономики и промышленной политики, Комитетом по труду и социальной защите населения, Комитетом финансов, Территориальным управлением по Санкт-Петербургу и Ленинградской области Министерства Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства (по согласованию), постоянной комиссией по промышленности, экономике и собственности Законодательного Собрания Санкт-Петербурга.
К реализации предпринимательских проектов и мероприятий Программы привлекаются на конкурсной основе любые коммерческие и некоммерческие организации, а также структурные подразделения Администрации Санкт-Петербурга.
В целях реализации Программы по отдельным ее направлениям государственным заказчиком разрабатываются конкретные планы действий и мероприятий, которые утверждаются губернатором Санкт-Петербурга.
Координация деятельности органов исполнительной власти Санкт-Петербурга, а также взаимодействие с организациями, участвующими в реализации Программы, осуществляется Комитетом экономики и промышленной политики, который определяет первоочередность выполнения мероприятий с учетом приоритетных направлений и наличия средств, выделенных на реализацию Программы.