Государственным заказчиком Программы является Администрация Санкт-Петербурга.
Выполнение функций заказчика по разработке градостроительной документации по реконструкции ФПМС и территорий застройки 60-х годов осуществляется Комитетом по градостроительству и архитектуре.
Управление и распоряжение государственным имуществом Санкт-Петербурга в зонах реконструкции осуществляется Комитетом по управлению городским имуществом.
Контроль за использованием земельных ресурсов реконструируемых территорий осуществляется Комитетом по земельным ресурсам и землеустройству Санкт-Петербурга, территориальными органами управления Администрации Санкт-Петербурга.
Направления финансовой, денежно-кредитной, инвестиционной политики реконструкции координируются Комитетом экономики и промышленной политики.
Бюджетно-финансовое обеспечение Программы и контроль за использованием бюджетных средств осуществляется Комитетом финансов.
Нормативно-правовое, нормативно-техническое и проектное обеспечение Программы в части бюджетного финансирования разрабатывается специализированными организациями и творческими коллективами на конкурсной основе.
Экспертиза градостроительной и проектной документации по реконструкции ФПМС осуществляется Управлением государственной вневедомственной экспертизы.
Осуществление строительства и реконструкции ведется специализированными строительными и ремонтно-строительными организациями, агентствами реконструкции и развития территорий.
Управление ходом реализации Программы и контроль за ходом ее выполнения осуществляется Комитетом по строительству, который ежегодно информирует Правительство Санкт-Петербурга о важнейших технических, экономических и социальных результатах реализации Программы.