3.1. Департамент возглавляет Руководитель, который по должности является заместителем Премьера Правительства Москвы.
3.2. Руководитель Департамента назначается на должность и освобождается от должности распоряжением Мэра Москвы, заместители руководителя Департамента назначаются и освобождаются от должности Премьером Правительства Москвы.
3.3. Руководитель несет всю полноту ответственности за деятельность Департамента.
3.4. Руководитель осуществляет руководство Департаментом на основе единоначалия:
- действует без доверенности от имени Департамента, предоставляет его во всех учреждениях и организациях;
- издает распоряжения в пределах компетенции Департамента, обязательные для исполнения всеми государственными предприятиями, учреждениями, организациями и органами исполнительной власти;
- издает распоряжения во исполнение распоряжений Мингосимущества России, Мэра Москвы и постановлений Правительства Москвы;
- издает приказы по вопросам регулирования деятельности Департамента, обязательные для исполнения всеми работниками Департамента;
- определяет компетенцию своих заместителей;
- назначает и освобождает от должности в соответствии с трудовым законодательством Российской Федерации работников Департамента;
- утверждает в установленном порядке структуру и штатное расписание Департамента;
- утверждает положения о структурных подразделениях Департамента;
- утверждает должностные инструкции и осуществляет контроль за деятельностью руководителей подразделений и служб Департамента;
- применяет к работникам Департамента меры поощрения, налагает на них взыскания в соответствии с действующим законодательством;
- распоряжается в соответствии с действующим законодательством имуществом и средствами, закрепленными за Департаментом;
- открывает и закрывает в банках расчетные и иные счета, совершает по ним операции, подписывает финансовые документы;
- обеспечивает соблюдение финансовой и учетной дисциплины;
- обеспечивает исполнение законодательства о государственной службе.
3.5. Департамент образует в административных округах Москвы свои территориальные агентства (Агентства), которые являются структурными подразделениями Департамента (пункт в редакции распоряжения мэра Москвы от 19 ноября 1998 года N 1154-РМ):
- Центральное территориальное агентство;
- Северное территориальное агентство;
- Северо-Восточное территориальное агентство;
- Восточное территориальное агентство;
- Юго-Восточное территориальное агентство;
- Южное территориальное агентство;
- Юго-Западное территориальное агентство;
- Западное территориальное агентство;
- Северо-Западное территориальное агентство;
- Зеленоградское территориальное агентство.