Непосредственная ответственность за реализацию проектов Программы возлагается на головных исполнителей Программы на 1998 год, через которых осуществляется ее финансирование: ассоциация инвалидов радиационных катастроф и аварий "Инрад" является головным исполнителем по проекту 1; фонд помощи инвалидам и получившим увечье, заболевание, переоблучение в результате Чернобыльской катастрофы "Чернобыль-Надежда" является головным исполнителем по проектам 2,3 и 4; общественная организация инвалидов Чернобыля "Заслон Чернобыля" является головным исполнителем по проектам 5,7 и 10; общественная благотворительная организация инвалидов Чернобыля и других радиационных катастроф Северо-Западного административного округа является головным исполнителем по проекту 6; Московское региональное общественное объединение инвалидов вследствие Чернобыльской катастрофы и других катастроф, аварий и испытаний является головным исполнителем по проектам 8 и 11; Московское отделение Комитета ветеранов подразделений особого риска Российской Федерации и общественная организация инвалидов Чернобыля "Чернобыль-Щукино" являются головными исполнителями по проекту 9.
Все проекты Программы могут страховаться в соответствии с действующим законодательством.
Финансовый контроль осуществляется налоговыми инспекциями города Москвы и Контрольно-счетной палатой Москвы.
Общественный контроль осуществляется общественным экспертно-аналитическим советом Московской городской Думы по направлению "Социальное обеспечение пострадавших от техногенных воздействий".
Программа выполняется в натуральных показателях (проекты 1-11) и предусматривает увеличение расходов в связи с инфляцией.