На земельных участках, используемых Полигоном, запрещаются утилизация и захоронение радиоактивных, ядовитых веществ и другой продукции, представляющей опасность для здоровья людей, растительного и животного мира.
Российская Сторона обязуется не производить геологическую разведку, разработку полезных ископаемых.
Охота на животных, рыбная ловля и сбор дикорастущих растений на территории Полигона осуществляются только на лицензионной основе в соответствии с законодательством Республики Казахстан.
Российская Сторона обязана соблюдать экологические нормативы, правила эксплуатации и нормы водо- и землепользования Республики Казахстан. Экологический ущерб, нанесенный деятельностью Полигона, ликвидируется Российской Федерацией. При этом размеры ущерба и формы его возмещения определяются специально создаваемой Сторонами межгосударственной комиссией.
Ведение земельного кадастра и мониторинга на территории Полигона, контроль за целевым использованием земель осуществляет уполномоченный государственный орган по управлению земельными ресурсами Республики Казахстан в порядке и сроки, согласованные с командованием Полигона (абзац дополнительно включен с 3 августа 2007 года Международным протоколом от 4 апреля 2006 года).