Охрана объектов, находящихся на территории Полигона, осуществляется силами воинских формирований, их эксплуатирующих.
Охрана правопорядка и борьба с преступностью на территории Полигона осуществляются правоохранительными органами Республики Казахстан во взаимодействии с командованием Полигона.