На земельных участках, используемых Полигоном, запрещаются утилизация и захоронение радиоактивных, ядовитых веществ, ядерного и химического оружия, другой продукции, представляющей опасность для здоровья людей, растительного и животного мира.
Ведение земельного кадастра и мониторинга на территории Полигона, контроль за целевым использованием земель осуществляет уполномоченный государственный орган по управлению земельными ресурсами Республики Казахстан в порядке и сроки, согласованные с командованием Полигона (абзац дополнительно включен с 3 августа 2007 года Международным протоколом от 4 апреля 2006 года).