Общее руководство соревнованиями по плаванию Московских юношеских игр осуществляет Оргкомитет.
В округе руководство осуществляется окружным Оргкомитетом, в состав которого включаются представители префектуры и муниципальных районов, управления образования, спорткомитета, ДЮКФП, плавательных бассейнов, прессы и др.
Непосредственное проведение водных праздников и соревнований в городе, округах, муниципальных районах возлагается на судейские коллегии.
В каждом округе издается Положение о соревнованиях по плаванию, в котором дополнительно определяются условия и места проведения, финансовое обеспечение, меры безопасности и др.