1. Определяет основные направления сотрудничества в области здравоохранения на конкретный период.
2. Рекомендует научно-обоснованные гигиенические нормативы, санитарно-карантинные мероприятия, в т.ч. медико-биологические стандарты, номенклатуры и обозначения, порядок лицензирования деятельности врачей, технологии изготовления и контроля профилактических и лечебно-диагностических препаратов, других изделий медицинского назначения, квалификационные требования и т.д.
3. Создает комиссии по разработке, экспертизе и реализации межгосударственных программ здравоохранения, определяет порядок их деятельности, источники и объем финансирования.
4. Назначает и освобождает исполнительного секретаря Совета, утверждает численность Секретариата.