Наблюдательный совет - коллегиальный орган, определяющий стратегию развития Особой зоны и осуществляющий контроль за деятельностью Администрации. В состав Наблюдательного совета входят представители Московской городской Думы, Правительства Москвы, отраслевых и функциональных органов городской администрации, Государственной налоговой инспекции по городу Москве (по согласованию), Московского таможенного управления (по согласованию), Администрации, Управляющей компании и иных заинтересованных организаций. Персональный состав Наблюдательного совета утверждается Премьером Правительства Москвы.