Риски, связанные с реализацией мероприятий подпрограммы, отнесенных к процессной части, связанных с текущими расходами, относятся к группе экологических рисков и разделены на две группы.
Первая группа рисков - природно-климатические риски.
Ведение сельского хозяйства в Санкт-Петербурге характерно для регионов с рискованным земледелием, расположенных на Северо-Западе России. Колебания погодных условий оказывают серьезное влияние на урожайность сельскохозяйственных культур, в том числе кормовых (риск потери урожая, сокращение кормовой базы, удорожание кормов).
Основными рисками в рыбохозяйственном комплексе в Санкт-Петербурге также являются природно-климатические, оказывающие влияние на погрешность прогнозов общих допустимых уловов, неравномерность объемов добычи (вылова) водных биологических ресурсов, природные аномалии.
Ко второй группе рисков относятся техногенные, фитосанитарные, эпизоотические риски.
Техногенные риски, связанные с хозяйственной деятельностью в прибрежной полосе акватории Санкт-Петербурга или непосредственно на акватории (строительство гидротехнических сооружений, дноуглубительные работы) либо возникшие вследствие аварийных ситуаций при осуществлении судоходства на акватории Санкт-Петербурга, оказывают существенное влияние на состояние запасов промысловых видов рыб, потерю естественных нерестилищ, сокращение кормовой базы для водных биологических ресурсов.
Возникновение эпидемий, распространение заразных болезней животных на территории Санкт-Петербурга могут вызвать сокращение или полную ликвидацию поголовья племенных животных, в том числе редких уникальных пород.