В рамках реализации пункта 3.1 перечня мероприятий подпрограммы, отнесенных к процессной части, КППИТ разрабатывает и согласовывает проект постановления Правительства Санкт-Петербурга о порядке предоставления субсидий в соответствующем финансовом году, разрабатывает и утверждает распоряжение КППИТ о реализации указанного постановления и организует предоставление субсидий в соответствии с утвержденными нормативными правовыми актами.
В рамках реализации пункта 3.2 перечня мероприятий подпрограммы, отнесенных к процессной части, планируется участие КППИТ в работе научно-промысловых советов, взаимодействие КППИТ с научно-исследовательскими институтами по вопросам состояния сырьевых запасов водных биологических ресурсов в водных объектах, находящихся на территории Санкт-Петербурга, проведение рабочих совещаний с представителями рыбохозяйственных организаций и общественных организаций.