На территории Заказника расположены природные комплексы и объекты, характерные для южного побережья Невской губы. Современный ландшафт представлен литориновой террасой и литориновым уступом, сформировавшимися в период морской трансгрессии. Бoльшая часть территории, примыкающей к акватории Невской губы, занята естественной растительностью. Здесь представлены тростниковые заросли, низинные болота. На расположенной южнее литориновой террасе произрастают черноольховые леса, встречаются березовые леса, ивняки, а также различные луговые сообщества. Также на террасе и склоне литоринового уступа сохранились участки старинных парков, смешанных и лиственных лесов с широколиственными породами (дуб, клен, липа). На мелководьях Невской губы представлены тростниковые и камышовые заросли, являющиеся местами массового гнездования, гнездовых колоний и крупных концентраций водоплавающих и околоводных птиц на миграционных стоянках. На территории Заказника расположены 10 водных объектов - девять ручьев без названия и один пруд без названия.
Особо ценными природными комплексами и объектами, расположенными на территории Заказника, являются:
исторические ландшафтные композиции парков;
тростниковые и камышовые сообщества;
черноольховые леса и заросли ив с болотным разнотравьем;
фрагменты старовозрастных широколиственных и смешанных лесов.