Контроль реализации Программы в целом, достижение целей, задач Программы, целевых индикаторов и мероприятий, утвержденных в Программе, мониторинг показателей выполняет Главное управление сельского хозяйства Алтайского края.
В целях реализации мероприятий Программы Администрацией Алтайского края утверждается порядок предоставления из краевого бюджета целевых средств на государственную поддержку сельского хозяйства края.
Ответственные за координацию деятельности учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы, и их согласованные действия по реализации программных мероприятий, формирование отчетности о ходе реализации Программы определяются приказом Главного управления сельского хозяйства Алтайского края.