Министерство образования и науки Республики Дагестан ежегодно согласовывает с Министерством экономики Республики Дагестан и Министерством финансов Республики Дагестан уточненные показатели эффективности реализации Программы на соответствующий финансовый год, а в дальнейшем ежегодно представляет информацию Министерству экономики Республики Дагестан, Министерству финансов Республики Дагестан и докладывает Правительству Республики Дагестан о ходе ее выполнения.
Текущее управление реализацией Программы осуществляется Министерством образования и науки Республики Дагестан.
Для координации деятельности по реализации Программы Правительством Республики Дагестан создается Координационный совет, который проводит свои заседания не реже двух раз в год.
Общий контроль за реализацией Программы осуществляют Министерство образования и науки Республики Дагестан, Министерство финансов Республики Дагестан.