Управление Программой и контроль за ходом ее реализацией осуществляется Единым аппаратом Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай и Комиссией по противодействию коррупции в Республике Алтай.
Ответственными за реализацию Программы являются Комиссия по противодействию коррупции в Республике Алтай и Единый аппарат Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай.