Контроль за исполнением Программы осуществляет Первый заместитель Председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики, курирующий вопросы финансово-экономического блока.
Текущее управление реализацией Программы осуществляет Министерство экономического развития Карачаево-Черкесской Республики, а также органы исполнительной власти Карачаево-Черкесской Республики - ответственные исполнители.