Управление Программой осуществляется Министерством здравоохранения Республики Алтай.
На Министерство здравоохранения Республики Алтай возлагаются обязанности по реализации Программы, достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение Программы.
Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай осуществляет контрольные проверки за ходом реализации Программы, в том числе за выполнением сроков реализации отдельных мероприятий Программы, целевым и эффективным использованием средств, выделяемых на реализацию Программы.