4.1. Департамент возглавляет директор Департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности правовым актом Губернатора автономного округа.
Директор Департамента несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
Директор имеет заместителей, один из которых - первый заместитель директора осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности директора при его временном отсутствии. Заместитель директора непосредственно руководит одним из управлений Департамента.
Первый заместитель директора Департамента, осуществляющий свою деятельность на освобождённой основе, назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Губернатора автономного округа по представлению директора Департамента.
Первый заместитель директора Департамента в отсутствие директора Департамента приобретает всю полноту власти и действует от имени Департамента на основании прав по должности (без доверенности или приказа).
Заместители директора Департамента назначаются на должность и освобождаются от должности директором Департамента.
4.2. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с директором Департамента и первым заместителем директора от имени нанимателя подписывает заместитель Губернатора автономного округа, руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
4.3. Структурными подразделениями Департамента являются управления по основным направлениям деятельности Департамента, отделы, секторы. В состав управлений включаются отделы и секторы.
4.4. Директор Департамента:
4.4.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
4.4.2. Утверждает положения о структурных подразделениях Департамента, должностные регламенты государственных гражданских служащих Департамента.
4.4.3. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Департамента и руководителей подведомственных учреждений.
4.4.4. Представляет Администрации автономного округа предложения по внесению изменений в штатную численность Департамента.
4.4.5. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством автономного округа о гражданской государственной службе вопросы, связанные с прохождением гражданской государственной службы в Департаменте.
4.4.6. Утверждает ежегодный план работы и показатели деятельности подведомственных Департаменту учреждений, а также отчёты об их деятельности.
4.4.7. Вносит Администрации автономного округа по представлению руководителя подведомственного Департаменту учреждения проект устава учреждения и предложения о фонде оплаты труда и предельной численности их работников.
4.4.8. Вносит в департамент финансов автономного округа предложения по формированию окружного бюджета и финансированию подведомственных Департаменту учреждений.
4.4.9. Вносит Губернатору и Администрации автономного округа проекты нормативных правовых актов и иные документы, требующие такого согласования.
4.4.10. Представляет в Администрацию автономного округа в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации окружных государственных предприятий и учреждений.
4.4.11. Даёт поручения подведомственным учреждениям и контролирует их исполнение.
4.4.12. Представляет в установленном порядке работников Департамента и находящихся в ведении Департамента учреждений, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации, а также присвоению почётных званий автономного округа.
4.4.13. Принимает правовые акты Департамента.
4.5. По решению директора Департамента при Департаменте могут образовываться постоянные консультативно-совещательные органы (коллегия Департамента, советы и т.д.), а также временные рабочие группы и комиссии для обсуждения вопросов, относящихся к компетенции Департамента.