Текущее управление и контроль за реализацией Программы осуществляется государственным заказчиком и разработчиком-координатором Программы.
Координацию деятельности предприятий рыбохозяйственного комплекса, а также мониторинг исполнения ими мероприятий Программы, осуществляется министерством сельского хозяйства, рыболовства и продовольствия Сахалинской области. Органы исполнительной власти - исполнители программных мероприятий, предоставляют в департамент по рыболовству Сахалинской области отчёт о выполнении мероприятий Программы по форме, установленной министерством сельского хозяйства, рыболовства и продовольствия Сахалинской области.
На 01 декабря каждого года, а также за 45 дней до предполагаемого внесения проекта закона Сахалинской области об областном бюджете на очередной финансовый год, министерство сельского хозяйства, рыболовства и продовольствия Сахалинской области представляет губернатору и первому вице-губернатору Сахалинской области развёрнутый отчёт о состоянии дел в рыбохозяйственном комплексе, который должен включать в обязательном порядке данные о ходе реализации настоящей Программы, а также о состоянии отрасли в каждом из муниципальных образований.
Выбор исполнителей мероприятий Программы осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Выполнение мероприятий осуществляется разработчиком-координатором Программы с привлечением исполнителей и соисполнителей.
Перечень проектов, реализуемых в рамках Программы, ежегодно корректируется и при необходимости дополняется. В случае принятия Правительством Российской Федерации федеральной целевой программы, направленной на оказание субъектам Российской Федерации финансовой помощи в сфере рыбохозяйственного комплекса, в настоящую Программу вносятся соответствующие изменения и дополнения, необходимые для получения финансовой поддержки из федерального бюджета. Также в случае если в установленном порядке объявлен конкурс на создание особой экономической зоны портового и (или) промышленно-производственного типов, при необходимости в настоящую Программу вносятся соответствующие изменения, направленные на создание предпосылок для создания особой экономической зоны.
Оценку инвестиционных проектов, отбор которых осуществляется в рамках реализации программных мероприятий, осуществляет департамент по рыболовству Сахалинской области совместно с комитетом экономики Сахалинской области, при необходимости с привлечением представителей других органов исполнительной власти с учётом положений Методических рекомендаций по оценке результативности и эффективности мероприятий Программы, изложенных в приложении N 4 к настоящей Программе.
Утверждение результатов отбора инвестиционных проектов производится Правительством Сахалинской области с учётом положений раздела 3 настоящей Программы.
Мониторинг Программы будет осуществляться в соответствии с Порядком разработки и реализации областных и межрегиональных целевых программ, утвержденным постановлением администрации Сахалинской области от 29.06.2007 N 129-па.