Развитие природоохранной инфраструктуры, а также и общественно-инженерной инфраструктуры во многом обусловлены "горной" спецификой территории республики. При реализации целевого сценария развития республики немаловажным приоритетом является обеспечение баланса стратегического развития - использование ресурсного потенциала и максимальная экологическая безопасность, гармонизация развития с охраной природного и культурного разнообразия.
Основными направлениями повышения экологической устойчивости территории являются:
сохранение и восстановление природных экосистем, поддержание их целостности и жизнеобеспечивающих функций;
развитие инфраструктуры по захоронению и переработке отходов: строительство отвечающих современным экологическим и гигиеническим требованиям объектов захоронения отходов (полигонов) и реализация проектов по переработке и обезвреживанию отходов потребления;
осуществление эффективного государственного экологического мониторинга состояния окружающей среды на территории Республики Алтай;
внедрение системы экологического менеджмента по международным стандартам на предприятиях, организациях всех форм собственности, органах власти всех уровней;
развитие системы особо охраняемых природных территорий, реализация мероприятий, направленных на охрану редчайших видов фауны и флоры;
формирование механизма устойчивого использования биологических и природных ресурсов территории республики с учетом "горной" специфики;
формирование высокой экологической культуры населения на основе комплексной и непрерывной системы экологического образования, воспитания и просвещения.
Кроме того, должен быть реализован комплекс мероприятий в сфере оценки состояния среды и в сфере сохранения биологического разнообразия:
1) в области оценки состояния среды:
создание единой системы оценки состояния ресурсов, их изъятия и истощения как основы для поддержания жизнеобеспечивающих функций биосферы;
создание единой системы оценки состояния среды, как основы для проведения любых оценок, включая риски, оценки воздействия на окружающую среду, аудит, выделение зон бедствия и другое;
организация комплексного экологического мониторинга по единой программе для оценки ситуации и перспектив;
2) в области сохранения биологического разнообразия:
обеспечение рационального использования биологических ресурсов при ориентации на минимизацию изъятия и максимальное развитие их искусственного воспроизводства;
максимально возможное увеличение площадей особо охраняемых природных территорий для сохранения экосистем с населяющими их видами, как центров охраны, мониторинга, просвещения и рекреации.